Bandar Udara Sultan Babullah merupakan sarana transportasi udara di Kota Ternate. Beberapa maskapai penerbangan yang melayani jalur ini antara lain Garuda Indonesia, Sriwijaya Air, Batavia Air, Wings Air (Group Lion Air), Merpati Airlines, Express Air danTrigana Air. Penerbangan melalui kota Makassar, Manado maupun Sorong.
Kota ini juga memiliki pelabuhan laut A. Yani dengan jalur pelayaran yang dilalui kapalPelni dua kali perminggu. Dua perusahaan ekspedisi kapal angkutan adalah Mentaridan Tanto.
Transportasi darat di kota ini menggunakan angkutan penumpang dengan mobil Suzuki Carry. Sejak akhir tahun 2005 telah mulai beroperasi armada taksi milik swasta dengan jumlah armada sekitar 50 unit.